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CombFold 是用于预测大型蛋白质复合物结构的组合和分层组装算法，利用 AlphaFold2 预测的亚基之间的成对相互作用。

CombFold 算法的关键特点包括：

1. 组合和分层组装：CombFold 使用组合和分层策略来预测大型蛋白质复合物的结构，将亚基之间的成对相互作用作为构建复合物的基本元素。
2. AlphaFold2 预测的亚基相互作用：CombFold 利用 AlphaFold2 预测的亚基之间的相互作用信息，这些预测可以帮助组装复合物的不同亚基。
3. 高准确性：在两个包含 60 个大型不对称组件的数据集中，CombFold 在前 10 个预测中准确预测了 72% 的复合体 (TM 得分 >0.7)。此外，与相应的蛋白质数据库条目相比，CombFold 预测的复合物的结构覆盖率更高。
4. 支持距离约束和复合物计数：CombFold 支持基于交联质谱的距离约束的整合，以及可能的复合物计数的快速枚举。
5. 扩展结构覆盖范围：CombFold 的高准确性使其成为超越单体蛋白质的结构覆盖的有前途的工具。

CombFold 帮助预测大型蛋白质复合物的结构，从而更好地理解蛋白质的功能和进化，解释突变的影响，并且在药物发现中应用。