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在启动 PyCharm 后选择 Help -> Edit Custom Properties 的选项，弹出：
选择 Create ，之后在文件中添加配置文件新的存储位置即可，例如：

idea.config.path=D:/Program Files/.PyCharm/config
idea.system.path=D:/Program Files/.PyCharm/system

最后将原文件夹下的

 C:\Users\<username>\.PyCharm2019.1.1

复制到目标搬迁文件夹下，并关闭 PyCharm 之后删除 system 文件夹并重启 PyCharm 就完成了配置的搬迁。其实只保留 config 目录下的一个 idea.properties 文件即可，其余文件都可以删除。