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前言

TCGA 全称 The Cancer Genome Atlas ，即癌症基因组图谱。它是一个大型的癌症研究项目，旨在通过对大量癌症患者的样本进行全面的基因组分析，来深入了解癌症的发生、发展机制。TCGA 收集了多种癌症类型的样本，包括肿瘤组织和正常组织，并对这些样本进行了基因测序、基因表达分析、DNA 甲基化分析等多种组学层面的研究。TCGA数据库中包含了多种肿瘤类型的数据，如乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肾癌等，其中每个肿瘤类型的数据都是由不同实验室和机构采集和上传的，数据涵盖了基因组、转录组、表观基因组和临床等多个层面，可以用于基因组学、生物信息学和医学领域的研究和应用。

通过 TCGA 产生的数据，科学家们能够发现新的癌症相关基因、了解癌症的分子亚型、探索癌症治疗的潜在靶点等，这对于癌症的诊断、治疗和预防都具有重要的意义。

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一、如何使用TCGA数据库获取公共数据?

1. url: TCGA数据下载挂网
2. 通过条件筛选过滤数据
3. 下载数据

二、使用步骤

1.点击Cohort Builder

2.数据筛选

我们这里以肺腺癌的数据下载为例:
注意: GDC只是一个数据存储网站，因此不仅有TCGA的数据存储在这里，其他项目比如 APOLLO等等的数据也都收录在GDC


条件添加完成之后我们就可以看到筛选到517个样本的数据

3. Repository

在program中点击more选择TCGA项目,在project中选择不同癌种项目类型,也可以根据列出的其他样本信息进一步筛选,筛选完成点击Repository

4.数据下载

4.1 继续选择筛选条件

进入Repository后进一步进行数据类型筛选，Experimental Strategy选择RNA-seq，Data Type选择Gene Expression Quantification,然后点击Add All Files to Cart，此时上方购物车图标会显示已将524个要下载的gene_counts文件加入购物车，点击这个购物车图标进入下一个页面

4.2 添加cart并进入

4.3 下载

注意: 一般下载三个文件 – Cart,Clinical:TSV,Sample sheet

1. Clinical文件解压后包含每个样本的临床信息
2. Cart文件解压后即是对应每个样本通过star对比后的gene_counts文件，一个样本一个文件夹
3. sample_sheet文件包含对应Cart解压后文件夹和样本对应的信息

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总结

以上就是TCGA数据库下载数据的基本流程了,关于TCGA差异分析可跳转进行观看!