基本网页设计,宁波网站建设优化企业推荐,wordpress+示例,自己设计网页的网址DecontX 是一种用于单细胞 RNA 测序数据的去除环境污染物#xff08;decontamination#xff09;的工具#xff0c;主要用于减少由细胞外RNA造成的污染效应。 开发者在20年的文章中已经把这个工具适用的情况说的非常清楚了#xff1a;简单来说就是基于微流控的单细胞技术会…DecontX 是一种用于单细胞 RNA 测序数据的去除环境污染物decontamination的工具主要用于减少由细胞外RNA造成的污染效应。 开发者在20年的文章中已经把这个工具适用的情况说的非常清楚了简单来说就是基于微流控的单细胞技术会导致环境中污染的RNA增多这种环境中的RNA是来自于自受压或经历细胞凋亡的细胞。当环境 RNA 掺入液滴中并与细胞的天然 mRNA一起被标记和扩增时就会发生交叉污染。 DecontX可以通过贝叶斯统计模型对每个细胞的 RNA 读数进行推断将原始数据分解为细胞内真实表达的 RNA 和污染的 RNA。该模型假设污染 RNA 来自于细胞群体的背景分布。进而估计每个细胞中污染 RNA 的比例并根据污染的概率对原始表达矩阵进行校正以生成一个含有去污染的表达矩阵(简单来说是给每个细胞一个污染评分而使用者可以根据自己的需求调整筛选分值分值是选择是在0-1之间)。
步骤流程
1.导入
rm(list ls())
library(Seurat)
library(decontX)
library(dplyr)
load(sce.Rdata)
table(Idents(sce))
# CD14 Mono CD8 T Naive CD4 T plasma B endothelial
# 638 476 1169 129 158
# FCGR3A Mono Fibroblasts NK DC
# 126 90 88 26
table(sce$seurat_clusters)
# 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
# 638 476 427 388 354 129 127 126 90 88 31 26 # check
p1 - DimPlot(sce,label T)NoLegend()2.数据预处理
# 得到表达矩阵
set.seed(123)
counts - GetAssayData(object sce, slot counts)
decontX_res - decontX(counts)
sce$contamination - decontX_res$contamination
sce$contamination
# AGCCAATGTTTAAGGA-1 AGCCAATTCAGTGTGT-1 AGCCAATTCGTAGGGA-1
# 7.290200e-03 1.077294e-01 1.545725e-02
# AGCCACGAGAAGTATC-1 AGCCACGCAGTATGAA-1 AGCCACGGTGACTAAA-1
# 5.359679e-03 5.380567e-02 1.104379e-02
# AGCCACGTCCGTGTCT-1 AGCCAGCAGGATTCAA-1 AGCGATTCATGGCTGC-1
# 5.277364e-03 1.970192e-02 2.541087e-02
# AGCGATTGTAACCCGC-1 AGCGATTTCACCATGA-1 AGCGCCACACTTCAGA-1
# 3.808178e-02 2.057815e-02 4.581427e-02
# AGCGCTGCACCTAAAC-1 AGCGCTGGTTATGGTC-1 AGCGTATAGCAATTCC-1
# 1.266685e-02 7.821186e-02 5.331460e-05
# AGCGTATGTCGTGATT-1 AGCGTCGAGCCTCACG-1 AGCGTCGCACGCTTAA-1
# 1.563875e-02 2.488393e-03 6.933525e-02
# AGCTACACAACGACAG-1 AGCTACAGTCAGTTTG-1 AGCTACAGTCGGTGTC-1
# 9.982144e-01 2.014275e-02 1.181942e-02 # contamination值在0-1之间
sce_filt - sce[,sce$contamination0.01]
p2 - DimPlot(sce_filt,label T)NoLegend()p1p2contamination值设定范围是0-1, 这个值的设定就是自定的啦~ 其实也很主观hhh...
如果自己的数据有很多毛刺样散在细胞就可以考虑使用这个工具进行过滤哦~ 参考资料
1、Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX. Genome Biol. 2020 Mar 5;21(1):57. doi: 10.1186/s13059-020-1950-6 IF: 10.1 Q1 B1
2、decontX
https://bioconductor.org/packages/release//bioc/manuals/decontX/man/decontX.pdf
https://github.com/campbio/decontX
3、生信技能树https://mp.weixin.qq.com/s/ndt9Fsgg5dNxIOh9m7j9Bw
4、生信菜鸟团https://mp.weixin.qq.com/s/UiO7AQczrcMdKENCWkLRCQ
致谢感谢曾老师以及生信技能树团队全体成员。
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