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最近略忙可能更新的内容会比较简单#xff0c;见谅哇#xff0c;今日更新内容#xff1a; part.0 前言
看到gzhBYtools科研笔记(推荐大家可以去瞅瞅#xff0c;有很多有意思的图形的R语言复现#xff01;#xff01;)做了这样一张图#xff1a; 感觉很…part.-1 前前言
最近略忙可能更新的内容会比较简单见谅哇今日更新内容 part.0 前言
看到gzhBYtools科研笔记(推荐大家可以去瞅瞅有很多有意思的图形的R语言复现)做了这样一张图 感觉很有意思但是作者是使用 R语言Adobe illustrator 进行完成的于是俺就想试试能不能用 MATLAB来进行完成。该图是出自论文
Li, Pu-Dong Zhu, Zeng-Rong Zhang, Yunzeng Xu, Jianping Wang, Hongkai Wang, Zhengyi Li, Hongye. (2022). The phyllosphere microbiome shifts toward combating melanose pathogen. Microbiome. 10. 10.1186/s40168-022-01234-x.
其中的Figure.6的图A 想要下载文章可以通过将以下链接复制到浏览器打开来实现
https://www.researchgate.net/journal/Microbiome-2049-2618/publication/359692392_The_phyllosphere_microbiome_shifts_toward_combating_melanose_pathogen/links/6248fec18068956f3c6532fa/The-phyllosphere-microbiome-shifts-toward-combating-melanose-pathogen.pdf
当然我的文末所给出的Gitee仓库也给出了pdf文件可以下载下来看。 part.1 核心函数
就是将scatter函数画两遍散点一遍有边缘另一遍删掉边缘同时设置其中一次绘图不在图例中显示即可也就三五行代码的一个小小小函数可以新建m文件(Matlab-file)保存一下或者直接放在代码最后即可。
function stHdl strokeScatter(varargin)set(gca,NextPlot,add);scHdl scatter(varargin{:});stHdl scatter(varargin{:},MarkerEdgeColor,none);scHdl.Annotation.LegendInformation.IconDisplayStyleoff;
endpart.2 使用及复刻
基本使用
使用数据(所用数据见文末Gitee仓库)直接循环绘图就已经很像了
% BinningDemo
Date readtable(binningData.txt,Delimiter,,);
% Group flipud(unique(Date.group))
Group {other bins; bin 19; bin 13; bin 11; bin 3; bin 5};
CList [177,177,176; 63,168,106; 24,222,154;96,0,123; 189,83,110; 170,219,87]./255;figure(Units,normalized,Position,[.2,.3,.4,.6]);
% 循环绘制散点
for i 1:length(Group)ind strcmp(Date.group,Group(i));binX Date.X(ind);binY Date.Y(ind);if i 1strokeScatter(binX,binY,170,filled,CData,CList(i,:),...MarkerEdgeColor,none);elsestrokeScatter(binX,binY,170,filled,CData,CList(i,:),...MarkerEdgeColor,k,LineWidth,2);end
end坐标区域修饰
% 坐标区域修饰
ax gca;
ax.PlotBoxAspectRatio [1,1,1];
ax.Box on;
ax.LineWidth 2;
ax.FontName Times New Roman;
ax.XGrid on;
ax.YGrid on;
ax.TickDir out;
ax.XLim [0.2,0.85];
ax.YTick 0:50:150;
ax.XTick 0.4:0.2:0.8;
ax.FontSize 14;
ax.XColor [.2,.2,.2];
ax.YColor [.2,.2,.2];
% X轴副标签
ax.XRuler.SecondaryLabel.String GC content;
ax.XRuler.SecondaryLabel.Position(1) ax.XLim(1);
ax.XRuler.SecondaryLabel.HorizontalAlignment left;
ax.XRuler.SecondaryLabel.FontSize 16;
ax.XRuler.SecondaryLabel.VerticalAlignment bottom;
ax.XRuler.SecondaryLabel.FontWeight bold;
% Y轴标签
ax.YLabel.String Contig abundance;
ax.YLabel.FontSize 24;
ax.YLabel.FontWeight bold;添加图例
% 绘制图例
lgdHdl legend(Group);
lgdHdl.NumColumns length(Group);
lgdHdl.Location southoutside;
lgdHdl.Box off;
lgdHdl.FontSize 14;part.3 其他示例
这里随便写了点代码懒得去想咋生成一团一团数据干脆同时让X坐标取了个整让点聚在了一起
clc; clear; close all
rng(6)
% 生成随机点(Generate random points)
mu [1 1; 12 10; 9 12];
S cat(3,[1 0; 0 2],[1 0; 0 2],[1 0; 0 1]);
r1 abs(mvnrnd(mu(1,:),S(:,:,1),200));
r2 abs(mvnrnd(mu(2,:),S(:,:,2),200));
r3 abs(mvnrnd(mu(3,:),S(:,:,3),200));
% 绘制散点图(Draw scatter chart)
hold on
propCell {LineWidth,2,MarkerEdgeColor,[.3,.3,.3],SizeData,100};
strokeScatter(round(r1(:,1)),r1(:,2),filled,CData,[0.40 0.76 0.60],propCell{:});
strokeScatter(round(r2(:,1)),r2(:,2),filled,CData,[0.99 0.55 0.38],propCell{:});
strokeScatter(round(r3(:,1)),r3(:,2),filled,CData,[0.55 0.63 0.80],propCell{:});
% 增添图例(Draw legend)
lgd legend(class1,class2,class3);
lgd.Location northwest;
lgd.FontSize 14;
% 坐标区域基础修饰(Axes basic decoration)
axgca; grid on
ax.FontName Cambria;
ax.Color [0.9,0.9,0.9];
ax.Box off;
ax.TickDir out;
ax.GridColor [1 1 1];
ax.GridAlpha 1;
ax.LineWidth 1;
ax.XColor [0.2,0.2,0.2];
ax.YColor [0.2,0.2,0.2];
ax.TickLength [0.015 0.025];
% 隐藏轴线(Hide XY-Ruler)
pause(1e-6)
ax.XRuler.Axle.LineStyle none;
ax.YRuler.Axle.LineStyle none;function stHdl strokeScatter(varargin)set(gca,NextPlot,add);scHdl scatter(varargin{:});stHdl scatter(varargin{:},MarkerEdgeColor,none);scHdl.Annotation.LegendInformation.IconDisplayStyleoff;
end完
再次推荐一下gzhBYtools科研笔记虽然账号似乎建立时间不长但是有很多优质内容的
本文所有代码及论文原文可在以下Gitee仓库获取
https://gitee.com/slandarer/spdraw
