综合类门户网站有哪些,python怎么做视频网站,高权重外链,ppt如何做链接打开一个网站好久没有更新,今天来一个upset图的绘制
1.1 安装包
#绘制upset的包现在看来有三个
## UpSet
### 最基本的upsetR包,使用方便,但是扩展不方便
devtools::install_github(hms-dbmi/UpSetR)
## complex-upset
### UpSet的升级款 支持ggplot2
devtools::install_git…好久没有更新,今天来一个upset图的绘制
1.1 安装包
#绘制upset的包现在看来有三个
## UpSet
### 最基本的upsetR包,使用方便,但是扩展不方便
devtools::install_github(hms-dbmi/UpSetR)
## complex-upset
### UpSet的升级款 支持ggplot2
devtools::install_github(krassowski/complex-upset)
## ggupset
### 同样是UpSet的升级款 支持ggplot2
devtools::install_github(const-ae/ggupset)示例数据
library(ggplot2)
library(ggupset)
library(ComplexUpset)
test.list - list(set1 c(a, b, c),set2 c(b, c, d, e),set3 c(c, d, e, f)
)UpSetR
#对于list,利用fromlist()整理数据
UpSetR::upset(fromList(test.list), order.by degree, #还可以选择degree)ComplexUpset
# 要求输入的是矩阵,如果数据是list,用formlist()转化一下就可以
test.df - fromList(test.list)
ComplexUpset::upset(test.df,intersect colnames(test.df))
# 与UpSetR不同的是支持ggplot2语法, 例如
ComplexUpset::upset(test.df, intersect colnames(test.df), wrap TRUE) ggtitle(This is a title)ggupset
# 同样是支持ggplot2语法, 但是输入会更加复杂一些
# 主要是通过scale_x_upset()来控制upset的输出, 例如
test.df - fromList(test.list) %% apply(2, as.logical) %% t() %% as.tibble(rownames setsnames) %% pivot_longer(cols -setsnames, names_to Sets, values_to stat) %% filter(stat) %% select(-stat) %% group_by(Sets) %% summarize(Set list(setsnames))test.df
# A tibble: 6 × 2Sets Set chr list
1 V1 chr [1]
2 V2 chr [2]
3 V3 chr [3]
4 V4 chr [2]
5 V5 chr [2]
6 V6 chr [1]str(test.df)
tibble [6 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)$ Sets: chr [1:6] V1 V2 V3 V4 ...$ Set :List of 6..$ : chr set1..$ : chr [1:2] set1 set2..$ : chr [1:3] set1 set2 set3..$ : chr [1:2] set2 set3..$ : chr [1:2] set2 set3..$ : chr set3test.df %% ggplot(aes(x Set)) geom_bar() scale_x_upset(order_by degree,reverse T, )# 然后利用 ggplot2 增加亿点细节
test.df %% ggplot(aes(x Set)) geom_bar() scale_x_upset(order_by degree,reverse T, )geom_text(statcount, aes(labelafter_stat(count)), vjust-1) scale_y_continuous(name Intersection size,expand c(0, 0), limits c(0, 6))theme(text element_text(family ARIAL, colour black, size 9))xlab()theme_combmatrix(combmatrix.label.make_space TRUE, combmatrix.label.width NULL, combmatrix.label.height NULL, combmatrix.label.extra_spacing 3, combmatrix.label.total_extra_spacing unit(10, pt), combmatrix.label.text element_text(family ARIAL, colour Pink, size 9), combmatrix.panel.margin unit(c(1.5, 1.5), pt), combmatrix.panel.striped_background TRUE, combmatrix.panel.striped_background.color.one white, combmatrix.panel.striped_background.color.two #F7F7F7, combmatrix.panel.point.size 3, combmatrix.panel.line.size 1.2, combmatrix.panel.point.color.fill red, combmatrix.panel.point.color.empty #E0E0E0, )theme(panel.border element_rect(colour black, fill NA, size 2))theme(panel.background element_blank(),axis.text.y element_text(size 9))
