乐山住房和规划建设局门户网站,手表网站排名前十,织梦网站源码下载,企业邮箱在哪里看1写在前面 天气开始暖和了☀️#xff0c;发现旅游的人好多啊#xff01;~#x1f972; 不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界#xff0c;实在是太忙了。#x1f637; 最近用到的有个包感觉很不错#xff0c;分享给大家#xff0c;funkyheatmap包。#x1f61…1写在前面 天气开始暖和了☀️发现旅游的人好多啊~ 不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界实在是太忙了。 最近用到的有个包感觉很不错分享给大家funkyheatmap包。 完美可视化数据包括字符型和数值型。 这个包是出自Nature Biotechnology中文章在这里 Saelens, W., Cannoodt, R., Todorov, H. et al. A comparison of single-cell trajectory inference methods. Nat Biotechnol 37, 547–554 (2019). https://doi.org/10.1038/s41587-019-0071-9 IF: 68.164 Q1 B1 IF: 68.164 Q1 颜值还是蛮高的大家学起来啊可以用来可视化临床信息的baseline、基因的基本信息等等。 2用到的包 rm(list ls())library(tidyverse)library(funkyheatmap) 3示例数据 今天用到的是diamonds数据非常经典的dataset。 dat1 - diamonds %% rownames_to_column(., id) %% head(20)DT::datatable(dat1) 4简单可视化 大家直接使用funky_heatmap即可是不是颜值还不错。 funky_heatmap(dat1, column_info NULL, row_info NULL, column_groups NULL, row_groups NULL, palettes NULL, scale_column T, add_abc T, col_annot_offset 3, col_annot_angle 35, removed_entries NULL, expand c(xmin 0, xmax 2, ymin 0, ymax 0) ) 5复杂绘图 我们再复现一下这篇Nature Biotechnology上的图吧需要用到kableExtra包内的数据。 5.1 加载数据 library(kableExtra)data(dynbenchmark_data) 5.2 查看数据 看一下数据类型吧。 dat2 - dynbenchmark_data$datadat2[,1:12] 5.3 提取列名 数据太大我们先只提取其中几列进行可视化吧。 preview_cols - c( id, method_source, method_platform, benchmark_overall_norm_correlation, benchmark_overall_norm_featureimp_wcor, benchmark_overall_norm_F1_branches, benchmark_overall_norm_him, benchmark_overall_overall)dat2[,preview_cols] 5.4 初步绘图 funky_heatmap(dat2[,preview_cols]) 5.5 列信息 提取一下列信息后面会用到。 column_info - dynbenchmark_data$column_infocolumn_info 5.6 再次可视化 把data都输入进去吧再画一下图看看颜值高多啦。 funky_heatmap(dat2, column_info column_info) 5.7 列的分组信息 column_groups - dynbenchmark_data$column_groupscolumn_groups 5.8 行信息 row_info - dynbenchmark_data$row_inforow_info 5.9 行的分组信息 row_groups - dynbenchmark_data$row_groupsrow_groups 5.10 分组配色 我们给不同分组配上不同的配色。 palettes - dynbenchmark_data$palettesprint(palettes) 5.11 最终可视化 Perfect~⭐️ 颜值很高大家都冲啊~ funky_heatmap( data dat2, column_info column_info, column_groups column_groups, row_info row_info, row_groups row_groups, palettes palettes, col_annot_offset 3.2) 最后祝大家早日不卷!~ 点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰 往期精彩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法~ ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗 Google | 谷歌翻译崩了我们怎么办附完美解决方案 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~ RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定~ rms | 批量完成你的线性回归 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图 Network | 高颜值动态网络可视化工具 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图 linkET | 完美解决ggcor安装失败方案附教程 ...... 本文由 mdnice 多平台发布
