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写在前面
昨天在绘制Circos圈图已经隔了2年左右没有做这类的图了。这时间过得真是快但是文章和成果依旧是没有很明显的成效。只能安慰自己后面的时间继续加油吧关于Cirocs图的制作我从刚开始到现在都是是使用TBtools进行制作的说实话对于不想写代码的我或是你来说生信可视化工具真的很方便。目前生信可视化的工具很多自己也加着2-3个类似的群但最后一直使用到现在以至于后面一直会使用的TBtools是其中一个。我们在前面也发表全程使用TBtools做分析教程共线性分析 | Advance Circos图绘制、基于TBtools做基因家族分析。从使用者的角度来说TBtools真心是一个不错的软件基于开发者和用户的反馈和需求开发很多小软件。
关于今天的教程
我一直在说我是一直在分享自己的学习笔记所以内容等方面都是基于自己目前在学习内容或是遇到的问题及解决方法。一方面是在记录自己的学习笔记一方面是为了后续自己用到便于查找我基本使用到需要的最后是为了分享给需要的同学。但是自己的能力有限很多高深的内容自己涉及不到或是没能力涉及。因此也欢迎各老师或同学来投稿或分享你的学习笔记。 一个人的力量是有限的但是一群人的力量是无法预测的 Cirocs教程分享
需要的文件
基因组长度文件
Chr1 56706830
Chr2 51972579
Chr3 58931556
Chr4 64763011
Chr5 44819618
Chr6 42866092
Chr7 56236587
Chr8 49719271所需绘制文件的位置信息文件
Chr2 35739245 35739448 1 .
Chr2 36071610 36072481 1 -
Chr2 36199462 36199872 1 .
Chr2 36274372 36276705 1 -
Chr2 36443766 36444019 1 .
Chr2 39128193 39128397 1 .
Chr2 39485207 39485428 1 .
Chr2 41001395 41003552 1 基因组长度文件
打开TBtools中Fasta stats 拖入基因文件和输出信息
所绘制的基因的文件
方法1直接提取可以使用教程共线性分析 | Advance Circos图绘制的方法。
获得基因位置信息文件 删除不必要的信息
提取目标基因的信息 拖拽文件文件时Selected Coluumn选择我们要match的列 自己制作,所需的信息也就是的那么个我们可以通过自己的注释文件进行提取就可以使用awk命令就医做简单的提取我们这里就不在赘述。
我这里做个简单的记录自己是补充前面做的分析的图因此自己手中并没有特定的绘图问题只有一个总文件和所需绘图的基因ID因此只能用基因ID进行提取信息。
## 导入总文件
df - read.table(all_lncRNA.bed.txt,header T)
head(df)
##----
ID Chromosome Start End type Strand
MSTRG.247.1 Chr1 152110 154340 1
MSTRG.364.2 Chr1 1230854 1231704 1
MSTRG.410.1 Chr1 1536449 1536977 1
MSTRG.545.1 Chr1 2665821 2668057 1
MSTRG.545.2 Chr1 2665899 2667587 1
MSTRG.545.3 Chr1 2665902 2668057 1 1入所需基因ID文件由于各列的长度不同因此不能正常使用read.table或read.csv函数导入
df - readLines(typeID.txt)
# 将每行数据按照空格或制表符进行拆分得到一个列表
df.list - strsplit(df,\\s)# 计算最大列数用于确定数据框的列数
max_cols - max(sapply(df.list, length))
# 将数据补齐到相同的列数用NA填充缺失值
df_matrix - t(sapply(df.list, function(x) {c(x, rep(NA, max_cols - length(x)))}))
# 将数据补齐到相同的列数用NA填充缺失值
data - as.data.frame(df_matrix)
head(data)
colnames(data) - c(C, D, H, Ma, O, P, S)
data - data[-1,] ## 删除首行
head(data)正常运行应该有更简单的导入方法欢迎交流。
2使用merge()函数或是其他函数进行提取其实merge在这里有点不太合适。
c - as.data.frame(data$C)
c02 - cold[!apply(is.na(c), 1, any),]c03 - as.data.frame(c02)
colnames(c03) - c(ID)
head(c03)df02 - merge(df, c03, by ID)
head(df02)
write.table(df02, C.bed.txt, sep \t,quote FALSE, row.names F, col.name F)此步仅记录自己本次做的过程可忽略亦可交流。
绘图
打开Advanced Circos 输入所需文件
这里我就只需要输入基因长度文件信息即可 获得基因圈图 添加其他文件信息点击Show Control Dialog 左边是调整基因圈图的参数右边是添加其他信息和调整参数 提供了很多图形的选项根据自己的需求进行调整即可以及颜色的调整。 最后就是细节调整这些主要依赖于个人的审美和搭配。 ---
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