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在构建文库的过程中需要将DNA片段化#xff0c;因此测序得到的序列只是基因组的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置#xff0c;需要将reads比对回参考基因组上#xff0c;这个步骤叫做比对#xff0c;即文献中所提到的alignment或mapping。包括基…比对参考基因组
在构建文库的过程中需要将DNA片段化因此测序得到的序列只是基因组的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置需要将reads比对回参考基因组上这个步骤叫做比对即文献中所提到的alignment或mapping。包括基因组比对和转录组比对目前比对的工具有很多这里用的是hisat2。
1.HISAT2官网下载index
hisat2和其他比对软件一样需要先建立索引建立索引比较复杂且耗费时间好在官网有已经建立好的索引我们只需要到官网下载使用即可。此处下载的是人源。
wget -O hg38.tar.gz https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hg38/download2.hisat2比对得到sam文件
例子
hisat2 -t -p 8 -x ~/my_project/airway/reference/index/hg38/genome -1 ~/my_project/wangll/raw/con1_raw_1.fq.gz -2 ~/my_project/wangll/raw/con1_raw_2.fq.gz -S con1.sam批量处理
#!/bin/bash
raw~/my_project/wangll/raw
index~/my_project/airway/reference/index/hg38/genome
outdir~/my_project/wangll/alignment
ls *_raw_1.fq.gz|while read id; do id${id/_raw_1.fq.gz/} #将字符串 id 中的_raw_1.fq.gz 部分替换为空字符串,即将_raw_1.fq.gz删除hisat2 -t -p 8 -x $index -1 $raw/${id}_raw_1.fq.gz -2 $raw/${id}_raw_2.fq.gz -S $outdir/${id}.sam;
done
#挂服务器后台处理
nohup bash align.sh 处理完之后查看nohup.out文件即可查看比对率如下图的95.14%
3.sam文件转bam文件
sam(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式用来存储reads到参考序列的比对信息。sam主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示分为注释信息header section和比对结果alignment section两部分。bam是sam的二进制文件占用的磁盘空间比sam文本文件小利用bam二进制文件的运算速度快。 要先安装samtools可以用conda如果不行的话就用wegt
mkdir ~/biosoft/samtools
cd ~/biosoft/samtools
wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
#服务器上GitHub太慢了我就在本地下载之后scp再传到服务器
tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2 #解压
cd samtools-1.9
./configure --prefix/home/data/t230436/biosoft/samtools/samtools-1.9
make
make install
./samtools --help #查看使用帮助顺便确认安装成功了没有
#如果想要全局调用可以将samtools路径放到.bashrc配置文件中批量处理把sam文件转为bam文件
#!/bin/bash
ls *.sam|while read id;do id${id/.sam/}samtools view -bhS -q 30 ${id}.sam ${id}.bamsamtools sort ${id}.bam -o ${id}.sorted.bamsamtools index ${id}.sorted.bam
done #挂服务器后台处理
nohup bash sam2bam.sh 运行完毕之后就会得到以下文件
过程中遇到的报错
1 解决加上-o参数samtools sort con1.bam -o con1.sorted.bam
2 不知道为什么会莫名出错然后我尝试了samtools sort -n con1.bam -o con1_sorted.bam可以运行但是后面samtools index又出现了报错搜索了一下发现命令按理说没有问题于是退出终端之后重试了几次结果又可以运行不报错了有点懵逼
3samtools index: failed to create index for “con1_sorted.bam”: No such file or directory 解决可能是因为前面sort出错(我前面用了-n参数)后面重新运行samtools sort con1.bam -o con1.sorted.bam之后再运行samtools index就没出现这个报错了
长腿猴子请来的救兵 写于2023年11月25日 马课摸鱼写的
