网站论坛怎么建设,哪些网站做企业招聘不要花钱,做视频教学网站如何做,小程序广告平台1. 基因注释 到目前为止#xff0c;我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义#xff0c;转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定#xff0c;因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰#xff1a; 如果峰与…1. 基因注释 到目前为止我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰 如果峰与基因重叠则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象mm10 基因组的来源中使用预定义的注释ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位点的距离的概览。 首先加载下一部分所需的库。 library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(org.Mm.eg.db)library(GenomeInfoDb)library(ChIPseeker) annotatePeak 函数接受要注释的区域的 GRanges 对象、基因位置的 TXDB 对象和要从中检索基因名称的数据库对象名称。 peakAnno - annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion c(-500, 500), TxDb TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene, annoDb org.Mm.eg.db) peakAnno - annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion c(-500, 500), TxDb TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene, class(peakAnno) peakAnno 结果是一个包含峰注释和整体注释统计信息的 csAnno 对象。 peakAnno peakAnno csAnno 对象包含有关基因的单个峰的注释信息。要从 csAnno 对象中提取它ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相关基因的相应对象。 peakAnno_GR - as.GRanges(peakAnno)peakAnno_DF - as.data.frame(peakAnno)peakAnno_GR[1:2, ] peakAnno_GR 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar(peakAnno) plotAnnoBar 同样我们可以绘制 TSS 站点周围峰值的分布。 plotDistToTSS(peakAnno) plotDistToTSS ChIPseeker 还可以提供一个简洁的图来描述注释之间的重叠。 upsetplot(peakAnno, vennpie F) upsetplot 本文由 mdnice 多平台发布
