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GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS…最近有些老师反馈文章发表时要求提供GEO登录号,如:GSEXXXX问要怎么获取这种登录号?这时就需要把数据上传至GEO数据库了。还在等什么跟着小编了解下GEO数据库手把手教您上传数据至GEO数据库。
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS成立于2000年是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库主要收录高通量基因表达数据。除SRA数据库之外GEO数据库也是目前文章投递数据上传的数据库之一。
接受数据类型原始数据或者经过处理的数据符合“有关芯片试验的最小信息minimum information about a microarray experimentMIAME”标准
存储数据格式web格式、spreadsheets格式、XML格式和纯文本格式
数据上传实操
01# 账号注册及登录
1注册账号进入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 网页找到页面右上角Sign in 进入页面后点击页面中的Sign up根据自己喜好选择对应的账号进行注册按照提示填写账号、密码、邮箱等信息。
如果已有NCBI账号此步骤可忽略。 2登录账号输入账号及密码注册时使用哪种账号注册登录时选择对应的登录通道登录点击Log in然后点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页点击图中Submit按钮进入提交数据页面。 02# 进入GEO数据上传页面
1点击主页中Submit按钮进入提交数据页面选择EGO数据库。进入GEO数据上传页面选择对应的上传数据类型高通量测序数据就点击“数据类型”中的第二行进入数据上传页面。 03# 准备文件
根据网页提示准备3类文件1. metadata spreadsheet2. processed data files3. raw data files 。 1metadata spreadsheet点击“metadata spreadsheet” 下载模板进行填写。
下载文件为Excel表格形式该文件是填写关于整个研究中样本和实验的相关信息。
具体栏目填写参考
SERIES这一块是一些跟您的实验相关的信息介绍summary这一栏可以采用分段的模式来写也可以采用一段式的模式来写类似于科研论文中的摘要。 SERIES栏目
SAMPLES这一块是具体的实验分组信息以及每一个组别里面的样品名称的填写 SAMPLES栏目
PROTOCOLS这一块主要是样品的处理方式以及测序建库的方式一般服务商的结果报告中都会提供也可通过与合作服务商伙伴的沟通来获得该部分的信息。 PROTOCOLS栏目
2processed data files一个至多个文件是根据你的原始文件进行分析所提取得到的一些数据该部分经过处理的数据是GEO提交的必要部分GEO会审核客户上传的处理过的数据以此来检验相关文章结论的真实可靠性。比如RNA-seq可以上传基因表达量文件ChIP-seq可以上传WIG, bigWig, bedGraph等不过由于是中间文件该部分内容没有完全固定的格式。
3raw data files一个至多个文件这是你测序或芯片获得的原始文件。测序的原始数据一般采用FASTQ格式另外SRA数据库接受的其他格式也是可以的https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitformats/。
04# 数据上传
点击该网页“Uploading your submission”跳转到数据上传部分 跳转到“My GEO Profile”进行个人基础信息填写填写后跳转可获取FTP登录所需的IP、用户名及密码通过FileZilla进行登录开始上传数据。
GEO官网推荐的软件FileZilla下载链接https://filezilla-project.org。 进入到项目数据传输页面 点击鼠标右键在此路径下建三个子文件夹1. metadata spreadsheet2. processed data files3. raw data files。然后将对应的文件上传至该文件夹即可。注意由于raw data files很大上传时需要耐心等待。
05# 确认数据上传完成
上传结束后可点击Notify GEO提醒GEO后台人员上传完成可以进行审核。 点Notify GEO进去之后就是这样的界面需要填写你建立的文件夹名称期望数据公开的时间以及更进一步的说明等。
上传成功或者数据有问题GEO都会以邮件的形式进行通知。一般约2,3个工作日经审核数据没有问题GEO会以邮件形式通知数据的GSM实验样本编号、GSE研究项目编号。
提示提交了该数据之后就会收到来自GEO数据库的邮件。邮箱为NCBI注册时留下的邮箱如果你的数据有问题会通知你去再次上传或者是修改。你重新上传下数据就可以了。
等你的文件全部上传完成后5个工作日内就会收到GEO给你发来的邮件这时会给你一个GEO号类似于GSEXXX。当你收到这封邮件后意味着你的数据正式上传成功了写文章的时候把这个号附上就大功告成。
