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软件安装

Anaconda

所有语言的包(package)、依赖(dependency)和环境(environment)管理器，类似应用商店

Conda < Miniconda < Anaconda（有交互界面）

Linux下Miniconda即可

安装Miniconda

搜索北外/清华miniconda镜像网站，复制最新版本链接：Miniconda3-...-latest....-Linux-x86-64.sh

下载：

wget -c <downloadwebsite>

• -c 断点续传参数

安装：

1. 运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 查看并同意软件license【进入more模式，q退出，yes确认】

3. 选择安装位置

4. 同意conda初始化【yes】

5. 重新加载 source ~/.bashrc

6. 设置是否激活base（选用）

   conda config --set auto_activate_base false

• Tips：浏览器中Ctrl+F可以搜索网页内容

Conda频道：

添加频道：

conda config --add channels <URL>

URL来源：清华镜像网站/北外镜像网站，查看第三方源完整列表复制即可。

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes 

• 添加的频道存在~/.condarc目录中，建议删除其中的'defaults' 可以提速

  sed -i '/defaults/d' ~/.condarc
  

• 建议先安装main然后conda-forge然后bioconda可提速

Conda环境管理

使用Conda安装时，先创建独立环境

避免将软件装进base环境，以免让conda崩溃

• 创建小环境conda create -n rna [python=2.7]

  -n 指定环境名称

  -y 跳过确认步骤，直接回答yes

• 激活小环境conda activate rna

  启动rna这个小环境

• 退出当前环境conda deactivate

• 查看已存在的小环境，*表示正在激活的环境

  • conda env list
  • conda info --env

• 删除已创建的小环境及安装包conda remove -n rna --all

• conda升级问题：重大更新之后可以升级一下

创建环境成功时会出现三个done

Conda命令规则：主命令Conda +子命令

软件安装

按需取用

转录组

• 质量控制

  fastqc、multiqc、fastp、trimmomatic、cutadapt、trim_galore…

• 比对&定量

  hisat2、bowtie、bowtie2、STAR、salmon、subread(featureCount) …

• 无参组装

  Trinity(没有参考基因组)

查询conda可以装的软件

1. 网站查询

   https://anaconda.org/search
   https://bioconda.github.io/
   

2. conda search <software>

3. 关键词搜索

• 安装代码示例

  conda install bioconda::fastp ##官网来源
  conda install fastp   ##配置频道来源
  conda install fastp=<版本号>  ##指定版本号 
  

  

  成功！

• 检查安装成功方法：

  fastp --help 能打印出帮助文档大概率已经成功了！

• 查看本环境中已安装的软件

  conda list     ##列出所有
  conda list fast    ##列出含有fast字符的所有软件
  conda list -n rna  #查看指定环境的软件
  

• 删除软件

  conda remove fastqc
  conda remove -n rna fastqc
  

  不建议删除软件

• 升级软件conda update fastqc(不常用，可以直接指定安装版本)

• 小Tips，conda崩溃可以先将环境配置备份，删除conda后再下载。

• 程序调用名和下载名不一定相同。

环境迁移

导出当前环境

conda env export envname > env.yml   #跨平台
conda list --explicit > env.txt  #仅限同平台

导入环境

conda env create --name<envname> --file env.yml
conda create --name<env> --file <this file>

常见报错

1. CondaHTTPerror HTTP000

   • 检查服务器网络ping www.baidu.com
   • 清空环境中所有的缓存conda clean -a
   • 把~/.condarc中的https换成http
   • 晚点再试试~

2. Solving environment

   • 网络较差晚点再来
   • 清空缓存

3. ModuleNotFoundError

   • 缺啥补啥，直接安装缺少的模块

4. 缺失libtbb.so.2

   • conda install tbb=2020.3

5. 缺失libstdc++.so.6

   • conda install libstdcxx-ng=9.1.0

   • conda install libgcc
     cp ~/miniconda3/lib/libstdc++.so.6 ~/miniconda3/
     

   • conda update --all

   • export LD_LIBRARY_PATH

环境变量

用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

• 打印变量echo $HOME

• 常见环境变量：

  • HOME：当前用户主目录
  • PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号分隔。使用命令的时候是从PATH中查找是否有这条命令。配置小环境的基石
  • SHELL ：bash shell 的全路径名
  • LOGNAME ：当前用户的登录名
  • PS1：shell命令行界面的主提示符

• ~/.bashrc：系统配置文件，包含设置信息，修改后需要运行一下才生效source ~/.bashrc

• 建议在家目录下配置一个./bin, 将这个目录放入执行PATH中，手动安装的内容可以放入bin

  mkdir bin
  vim ~/.bashrc   #最后一行
  export PATH="~/bin:$PATH"
  

一个命令被执行的三个要素

输入命令后被全局调用，需要满足三个条件：

1. 命令的本体文件真实存在在服务器中。
2. 命令的本体文件有可执行权限。
3. 这个命令被系统查找到（命令路径在$PATH中记录）。

自定义一个命令

1. 创建一个命令文件
2. 赋予执行权限chmod u+x filename
3. 命令路径纳入PATH

• Tips：bget 使用doi下载OA文献。

  wget-c https://github.com/clindet/bget/releases/download/v0.3.2/bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz
  

  引用自生信技能树课程！